warum hast du es nicht mit "dos2unix" getestet? Vom Aufbau her ändert sich nichts beim Kopieren, außer das der FTP-Client evtl. die Zeilenumbrüche anpasst, sofern man im Auto-Modus kopiert.

Viele wissen nicht, dass die meisten FTP-Clients im "Auto-Mode" die Zeilenumbrüche von ASCII-Dateien an das Quell-Betriebssystem anpassen. Kopiert man eine Linux-konform gespeicherte Datei von Windows auf ein Unix-System, wird der FTP-Client die Zeilenumbrüche wieder "fetzen". Also Auto-Mode immer deaktivieren und IMMER im Binary-Mode Daten übertragen