Auf jedem Untertitel mit "X" einmal OK, und dann ist der entsprechende aus.
Wenn das erzwungene Untertitel sind, kommen sie trotz Deaktivierung im Menü bei der nächsten Wiedergabe halt wieder. Dann würde ich auch mit mkv-toolnix die Files einmal Remuxen, und entsprechende Einstellungen vornehmen.